پس از مدتی که هر دو برادر در بغداد به سر بردند ناگاه بین آنان اختلافات و منازعاتی در گرفت و هر کدام دیگری را متهم به چیزی ساختند و این مشاجرات چندان زیاد شد که حسینعلی سر از فرمان برادرش تافت و او را متهم به تصرف در حریم سید علی محمد باب کرد چنان که در کتاب «بدیع» میگوید:
»علت و سبب کدورت جمال ابهی (حسینعلی) از میرزا یحیی و الله الذی لا اله الا هو این بود که در حرم نقطه (سید علی محمد) روح ما سواه فداه تصرف نمود. با این که در کل کتب سماوی حرام است، و بیشرمی او به مقامی رسید که… دست تعدی به حرم مظهر ملیک علام (باب) گشود، فاف له و لوفائه، و کاش به نفس خود قناعت مینمود، بلکه او را بعد از ارتکاب خود وقف مشرکین نمود و جمیع اهل بیان شنیده، میدانند سیئات او را.«
به موجب این سخن و اتهام، حسینعلی برادرش را مرتد از دین باب و طرفداران او را مشرک نامید و از همین جا عدهای از بابیان از راه میرزا یحیی برگشتند و به سوی حسینعلی متمایل شدند و عدهای هم بر همان راه باقی مانده و میرزا یحیی را رها نکردند. دولت عثمانی که این اختلاف و کشمکش را نمیتوانست در بغداد تحمل کند آنان را به «ادرنه» روانه کرد، اما در آنجا نیز تنور مخامصه و مجادله گرم بود تا جایی که فحاشیهای دو برادر به یکدیگر شدت گرفت، چنان که خود حسینعلی در «بدیع» به این مطلب اذعان نموده که:
»افتضاحی در این ارض برپا شد که یکی از قنسولهای این ارض تعجب کرد و به شخصی ذکر نمود که امر عجیبی واقع شده و جمیع اعاجم (عجمها) به شماتت برخاستند که در این طایفه عفت و عصمت نیست.«
و در جایی دیگر میگوید:
»… مسلم است که ازل (میرزا یحیی) به اکل و شرب و تصرف در ابکار و نساء مشغول بوده و اعمالی که والله خجالت میکشم از ذکرش، مرتکب.«
و به تبع این سخنان پیروان این دو برادر هم اتهاماتی را متوجه یکدیگر ساختند چنان که اشراق خاوری در کتاب «رحیق مختوم» مینویسد:
»بر اثر زهر، ارتعاش حاصل شد و دستهای حضرت بهاء الله تا آخر حیات میلرزید.«
و این سخن به این جهت گفته شده که بهائیان معتقدند میرزا یحیی به قصد کشتن برادر به او زهر خورانیده است.