پس از آزادی بهاء از زندان، حکومت وقت تصمیم گرفت که حسینعلی بهاء و برادرش میرزا یحیی را به عراق تبعید کند تا دیگر مجالی برای اغتشاش نداشته باشند که این مطلب در «تلخیص تاریخ نبیل زرندی» این گونه آمده است:
»حکومت ایران بعد از مشورت به حضرت بهاء الله امر کرد که تا یک ماه دیگر ایران را ترک نمایند و به بغداد سفر کنند، قنسول روس چون این خبر را شنید از بهاء الله تقاضا کرد به روسیه بروند و دولت روس از آن حضرت پذیرایی خواهند نمود… بهاء الله قبول ننمودند و توجه به عراق را ترجیح دادند و در روز اول ماه ربیع الثانی 1269 هجری به بغداد عزیمت فرمودند، مأمورین دولت ایران و نمایندگان قنسول روس تا بغداد با حضرتش همراه بودند.«
و خود حسینعلی بهاء در کتاب «اشراقات» مینویسد:
»این مظلوم از ارض طاء (طهران) به امر حضرت سلطان به عراق عرب توجه نمود و از سفارت ایران و روس هر دو ملتزم رکاب بودند.» و در جایی دیگر در همین کتاب مینگارد: «خرجنا من الوطن و معنا فرسان من جانب الدولة العلیة الایرانیة و دولة الروس الی ان وردنا العراق بالعزة و الاقتدار.» حسینعلی بهاء پس از مدتی که در بغداد ماند روانه سلیمانیه شد و در آنجا درسهایی را از عرفان و تصوف فراگرفت (و مدتی به نام درویش محمد با لباس مبدل درسلیمانیه به سر برد که به شرح آن نمیپردازیم(. دو سال بعد حسینعلی بهاء باز به بغداد برگشت و این در حالی بود که هنوز طوق بندگی و پیروی از برادرش میرزا یحیی صبح ازل را بر گردن داشت و خود او در کتاب «ایقان» علت برگشتش را چنین ذکر میکند:
»قسم به خدا که مهاجرتم را خیال مهاجرت نبود، و مسافرتم را امید مواصلت نه، و مقصود جز این نبود که محل اختلاف احباب شوم و مصدر انقلاب اصحاب نگردم… باری تا آن که از مصدر امر (میرزا یحیی) حکم رجوع صادر شد و لابدا تسلیم نمودم و راجع شدم.«