بر اساس وصیت بهاء بعد از عباس افندی باید برادر دیگرش میرزا محمد علی که از زن دوم
میرزا حسینعلی بود ریاست بهائیان را در دست می گرفت اما در زمان عباس افندی بین او و میرزا محمد علی اختلافاتی واقع شد و کار به جائی رسید که عباس افندی در هر نوشته خود از او شکایت می کرد و گاهی او را ناقض اکبر و گاهی بیرون رونده از امر باب و بهاء و مرتد معرفی می کرد لذا پیروان بهائیت از میرزا محمدعلی رویگردان شدند و بعد از مرگ عباس افندی طبق وصیت او به پسر دخترش شوقی افندی رجوع کردند.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
