ابراهیم خان ظهیر الدوله مدرسین چندی از مجتهدین و غیر ایشان بکرمان جلب کرد، در این مدرسه بامر تدریس مشغول و از آن موقوفه هم بهرهمند میگردیدند بعد از وفات واقف شاهزاده حسنعلی میرزا شجاع السلطنه پسر معروف فتحعلیشاه وارد کرمان شد و کلیهی امور مال و ثروت اولاد ابراهیم خان را تحت نظر گرفت. وضع موقوفات بهمان طرز سابق ادامه داشت و حاج محمد کریم خان همچنان مستغرق در امر تحصیل و تعلیم و تعلم (خود او در این مدرسه هم درس میخواند و هم تدریس میکرد) غرق بود که بموضوع موقوفات نمیپرداخت و علاوه سن او هم مقتضی نبود.
تا وقتی که از کرمان بعراق عرب رفت، در سلک شاگردان سید کاظم رشتی در آمد. مجددا از طرف او بکرمان عازم شد، از این زمان مخالفینی در بین مجتهدین پیدا کرد. در این موقع دو نفر مجتهد صاحب عنوان وقت مورد تأییدات خفی و جلی والی مقرر وقت (فرمانفرما) نصرت الدوله فیروز میرزا پسر عباس میرزا نائب السلطنه نیز قرار گرفتند، آن دو حاج سید جواد شیرازی داماد ابراهیم خان ظهیر الدوله و آخوند ملا علی تونی اعمی (کورمادرزاد) که فقیهی معروف بود، میباشند.
تا بحدی که بمساعی فرمانفرما حاج سید جواد امام جمعه کرمان گردیده، و در این کار اولاد ابراهیم خان هم اکثر ذیعلاقه بودند و به وی کمک کردند و بعدا همین حاج سید جواد سرسختترین و بیباکترین دشمنان
حاج محمد کریم خان گردید.
این دو مجتهد هر دو در مدرسه و موقوفات ظهیر الدوله دخالت داشتند، این امر حدود سال 1255 قمری (137 سال قبل) بود که روز بروز دخل و تصرف این دو امر مدرسه و دکاکین و املاک وقف زیادتر شد. و عده بسیاری از طلاب را در حجرات مدرسه سکونت دادند که همه حکم یک قوای تدافعی را داشت با این وضع برای حاج محمد کریم خان عنوان کردن موضوع وقف میسور بلکه مقدور نبود. از این رو بوقف نامه پدری مراجعه و از آن بقوه فقاهت استدلالی شرعی کرد، حکم ببطلان کلیه وقف کرد، برای قوهی نظریه شرعی و فتوای خود استفتائی از حاج سید محمد باقر شفتی مرجع تقلید عصر فتحعلیشاه و محمد شاه در این بابت کرد و معلوم بود که فتوای او قاطع امر خواهد بود، آن استفنا را توسط دو نفر از اهل علم و اطلاع باصفهان خدمت سید فرستاد، سید هم صریحا حکمی داد که با عقیده حاج محمد کریم خان در باب بطلان وقف و تعلق داشتن کلیه رقبات بر حسب ارث شرعی به آنان مستحضر و مطلع ساخت.
بدیهی است در اینجا تقسیم آن همه عمارات و املاک طرفدار وارث خور بسیاری پیدا کرد ولی باین حرفها نمیشد املاک و مدرسه را از ید طلاب و عوامل بسیاری که همه از آن منتفع بودند انتظار کرد.
گرچه مجتهدین ذینفع از موقوفه هم نمیتوانستند در برابر حکم مرحوم حجت الاسلام لا و نعم کنند و لیک حاضر هم نبودند که دو دوستی مدرسه را تقدیم حاج محمد کریم خان نمایند خاصه آنکه میدیدند حاج
محمد کریم خان دست بدعوتی جدید و تشکیلاتی تازه زده است.
