دومین طایفهی شیخیهی آذربایجان، خانوادهی «ثقة الاسلام«اند. میرزا شفیع تبریزی، معروف به «ثقة الاسلام«، بزرگ این خاندان است. وی، از شاگردان شیخ احمد احسایی بود.
فرزند او، میرزا موسی ثقة الاسلام نیز از علمای شیخیهی تبریز بود. وی، در سال 1330 ق، به جرم مشروطه خواهی و مبارزه با روسها، به دست روسهای تزاری، در تبریز به دار آویخته شد.
برادر او، میرزا محمد نیز از علمای شیخیهی تبریز به شمار میرفت.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
