موقوفه ظهیر الدوله در کرمان منشأ اصلی یک اختلاف عمیق و مداوم گردید.
باید دانست که ابراهیم خان ظهیر الدوله کرمان و پدر حاج محمد کریم خان سومین پیشوای شیخیه تحت تعالیم سر سلسله قراختائیان که در اوائل قرن هفتم در کرمان بنای مدرسه عظیم و عمارات چندی را گذارد (در محله ترک آباد یعنی قبه سبز و خواجه خضر امروز که ویرانه شده است) او هم مدرسهی بزرگی بضمیمه دو بازار بنام قیصریه و یک حمام کم نظیر و آب انبار با نهایت متانت و ظرافت بنا کرد و برای این مدرسه و مخارج طلاب و روضه خوانی و خرید کتب و اطعام و غیره و رقبات مستعد و خوبی وقف کرد و خیلی مقید بود که بناهای خیر او و املاکی که وقف میکند یا از حاصل املاک مازندرانش باشد یا املاکی که شخصا خریداری یا آباد کرده است، باشد و البته این راهنمایی هم از برکت وجود شیخ نعمت الله بحرینی بود گویند چون رغبت فرزند خود محمد کریم خان را در میانه چهل یا چهل و دو اولاد خود بتحصیل یافت بیشتر همت بکار مدرسه و توسعه موقوفات آن گماشت سائر آثار آبادی او از باغها و حمامها و غیره که جزء موقوفه نبودند از محل مالیات کرمان ساخته و پرداخته شد که ابراهیم خان ظهیر الدوله بهیچوجه مالیات کرمان را بدربار فتحعلیشاه نمیفرستاد و با اجازه دربار صرف آبادی کرمان میکرد.
