ملا محمد تقی پیروان مذهب شیخیه را کافر و زندیق خواند و قرة العین را بر رسومی که پیش گرفته بود بر حذر میداشت تا این که بابیان نقشه قتل ملا محمد تقی را طرح کردند. جریان قتل ملا محمد تقی مجتهد (شهید ثالث) در سال 1264 شبی بعد از نصف شب مرحوم ملا محمد تقی که مرجع تقلید قزوین بود برای خواندن نماز شب به مسجد رفت. مسجد خلوت بود. در حال سجده به خواندن مناجات خمسه عشر اشتغال داشت، ناگهان چند نفر بابی به مسجد ریختند. نخستین بار نیزهای به پشت گردن او فرو بردند و سپس نیزهای به دهان او فرو کردند. او برای رعایت نجس نشدن مسجد به هر زحمتی بود خود را به درب مسجد رساند و بیهوش شد. مردم خبر شدند و او را به خانه اش بردند و پس از دو روز شهید شد. و هم اکنون قبر او در قزوین در کنار شاهزاده حسین – علیه السلام – قزوین به عنوان قبر شهید ثالث معروف و ملجأ حاجتمندان است. و این قسمت در قصص العلما ذکر شده است. در کتاب کواکب الدریه آیتی نیز به تفصیل ذکر شده و در ذیل آن آمده است: «بعضی گویند: در راه که به مسجد میرفته مورد حمله قرار گرفت و حمله کننده میرزا صالح شیرازی و به قول بعضی ملا عبدالله بوده است.»