چون توجه زیادی نسبت به مراقبت از او نمیشد با تماس مخفیانه ای با حاکم اصفهان که شخصی به نام منوچهر خان گرجی بود از شیراز گریخته و به اصفهان رفت و ادعاهای سابق خود را ادامه داد. و اما درباره منوچهر خان، مهدی قلی خان زعیم الدوله تبریزی در کتاب باب الابواب چنین مینویسد: «ظاهرا مسلمان شدند و در باطن بدین مسیحی خود باقی بودند، چنین است شیوه اکثر مسیحیانی که در امور دول اسلامی دخالت میکنند، برای رسیدن به مطلوب خود و گرفتن انتقام خونهایی که از نژاد آنان بدست مسلمین ریخته شده است و ریختن تخم فتنه و فساد در میان مسلمین ظاهرا مسلمان میشدند و در حقیقت جاسوس دول مسیحی و شمشیر برنده و آلت کوبنده دست آنها هستند ولی امراء اسلام از آنها غافل و به مکر و حیله آنان جاهلند، این حقیقتی است که از مراجعه و تتبع تاریخ دولتهای اندلس و عثمانی معلوم میشود.» از تاریخ چنین بر میآید که منوچهر خان (معتمد الدوله) و برادرش که هر دو از مسیحیان بودند در ظاهر از دین خویش برگشته و اظهار مسلمانی کردند و پستهایی را به خود اختصاص دادند و این مطلب را میرزاجانی کاشانی در نقطة الکاف چنین مینگارد: «خلاصه آن که مرحوم معتمد الدوله جان و مال و ایمان خود را در راه آن سلطان ممالک (سید علیمحمد) داد اما ایمانش را به این معنی که ظاهرا اگر چه قبول اسلام نموده بود ولی چونکه به سر اسلام بر نخورده بود لهذا سرا هم از دین قبلی خود (مسیحیت) منقطع نگردیده.» و اما این که چگونه او و برادرش به این پستها حائز آمدند را (کینیاز دالگورکی) سفیر کبیر روسیه در ایران در عصر قاجار در اعترافات خود که در مجله شرق به عنوان یک نفر سیاسی روحانی در اوت 1924 و 1925 چاپ شد این گونه توضیح میدهد: «بحدی نفوذ ما در دربار ایران زیاد شد که هر چه میخواستیم میکردیم و بحدی من خودمانی شده بودم که در هر محفل و محضر مرا دعوت میکردند، من هم واقعا مثل آخوندهای صاحب نفوذ در امور دخالت میکردم…. باری هر یک از وزرا و امرای دولتی که مناسبات آنها با ما خوب بود صاحب شغل خوب میشدند. حکومت فارس که با فیروز میرزا بود به منوچهرخان معتمد الدوله واگذار و پشتکاری فارس به او شد. و الله وردی بیک گرجی که محرم بود مهرداد همایونی گردید.» و در نوشتههایش راجع به آمدن سید علیمحمد به اصفهان این طور مینویسید: «همین که به من اطلاع رسید که (باب) وارد اصفهان شده یک نامه دوستانه به معتمد الدوله حکمران اصفهان نوشتم و سفارش سید (باب) را نمودم که از دوستان من و دارای کرامت است! از او نگهداری کنید. الحق معتمد الدوله چندی از او خوب نگهداری کرد.» در این هنگام طرفداران سید علیمحمد به بهانه حمایت از او در چند شهر دست به آشوبهایی زدند و موجب درگیریهایی با شیعیان شدند، بنابراین حکومت وقت به منوچهرخان اعلام نمود که سید را دستگیر کرده و به تهران روانه کند و او نیز با حیله خاصی سید علیمحمد را از اصفهان خارج کرده و ظاهرا به تهران روانه کرد ولی باز مخفیانه او را به اصفهان برگرداند و شش ماه در عمارت خورشید از او حفاظت کرد. در تاریخ نبیل زرندی حیله منوچهر خان را به این صورت توضیح میدهد: «پانصد سوار را مأمور کرد با حضرت باب! هنگام غروب آفتاب از اصفهان خارج شوند و به تهران عزیمت نمایند. ضمنا به رئیس سواران دستور داد که پس از طی هر فرسنگی صد سوار را به اصفهان برگرداند و از بیست نفر آخر ده نفر را که مورد اعتماد هستند نگه دارد و ده نفر دیگر را برای جمع آوری مالیات مأمور کند و آن ده نفر باقی مانده که مورد اعتماد بودند از راه غیر معمولی به طوری که کسی نفهمد باب را به اصفهان برگردانند و طوری بیایند که قبل از طلوع صبح وارد شهر بشوند.» ولی این وضع به زودی دگرگون شد و با فوت منوچهرخان حاکم جدید تصمیم گرفت که سید علیمحمد را روانه تهران کند، دالگورکی با اظهار تأسف از این جریان مینویسد: «از بدبختی سید، معتمد الدوله مرحوم شد! بیچاره سید را گرفتند و به تهران روانه کردند، من هم بوسیله میرزا حسینعلی (بهاء) و میرزا یحیی (صبح ازل) و چند نفر دیگر در تهران هوو و جنجال راه انداختیم که صاحب الامر را گرفته اند لذا دولت او را از کنار گرد روانه رباط کریم نموده و از آن جا به ماکو بردند ولی دوستان من آنچه ممکن بود تلاش کردند و جنجال راه انداختند.»