از میان انصار باب، دو برادر به نامهای میرزا حسین علی و یحیی نور، جایگاه ویژهای داشتند و باب آنان را در فهم عقیده بابیت از دیگران متمایز میدانست. پس از اعدام باب، اصحاب او گرد آمدند و یحیی را به زعامت خود برگزیدند؛ اما او به برادرش حسین علی اشاره کرد و او با کنار زدن رقبا، زعامت مطلق بابیه را به عهده گرفت؛ اما پیروان این فرقه جعلی، معتقدند که باب خود زمانی که در قلعه ماکو حبس شده بود، او را به خلافت خود برگزید و گفت: «حسین خلیفه اوست» و او را به «بهاء» ملقب کرد و برادرش یحیی را به یحیی ازل که او هم طرفدارانی یافت که ازلیها نام گرفتند. ازلیها معتقد بودند که یحیی ازل خلیفه باب است؛ اما این گروه به مرور زمان منقرض شدند و این فرقه که تا پیش از این بابیه نام داشت، در ادامه «بهائیه» نام گرفت.
میرزا حسین علی بهاء و دو تن از یارانش به سیاه چال افکنده شدند و چهار ماه در آن به سر بردند. در این زمان بهاء کم کم اعلام کرد که بر او وحی میشود، پس از مدتی حکومت ناصرالدین شاه آنان را به عراق تبعید کرد. بهاء در 8 آوریل 1853 م به بغداد رسید. اقامت بهاء در بغداد موجب فتنه انگیزی شد. پس از گرویدن عدهای از عراقیها به وی، علمای عراق به دولت عثمانی که در آن زمان عراق هم از مناطق تحت سلطه این دولت بود، شکایت بردند و تلگرافهای متعددی به استانبول فرستادند. این شکایات مؤثر واقع شد و بهائیان آماده سفر شدند. بهاء در مدت کوتاهی به باغ نجیب پاشا در «رصافه» منتقل شد و دوازده روز در این باغ به سر برد و در روز 21 آوریل 1863 اعلام کرد که منظور عبارت «آن کسی که خدا او را ظاهر میکند» در کتابهای باب، خود اوست و باب به دنیا نیامد، مگر برای بشارت ظهور او (بهاء(، چنان که یوحنا تنها برای بشارت تولد مسیح (علیه السلام) به دنیا آمد.
سپس بهاء به همراه برادرش یحیی و دیگر یارانش به استانبول کوچید. در استانبول میان این دو برادر نزاعی در گرفت و دولت عثمانی برای خلاصی از زحمت آنان، بهاء را به عکا و یحیی ازل را به قبرس تبعید کرد و یحیی پس از این برای همیشه از دور خارج شد.
در زندان عکا، بهاء ادعا کرد که او دین تازهای آورده و روح خدا در او حلول یافته است. وی برای اینکه پس از خود، یاران و پیروانش دچار تفرقه نشوند، ولایت عهدی خود را به فرزندش «عباس افندی» و پس از او به فرزند دومش «میرزا محمد علی» سپرد و در عکا مرد و در روز 28 مه 1892 در همان شهر دفن شد. پس از وی عباس افندی ملقب به عبدالبهاء خلیفه بهائیان شد و از هیچ تلاشی برای ارتقای سطح آموزشی و علمی پیروان خود و فرزندانشان فرو گذار نکرد. وی کوشید تا کسانی را که استعداد ادامه تحصیل داشتند، به دانشگاه امریکایی بیروت بفرستد. دولت انگلیس در آوریل 1920 م طی مراسمی که در باغ حاکم نظامی حیفا برگزار شد، به او نشان امپراتوری داد و پس از آن عبدالبهاء به اروپا و امریکا سفر کرد و با مقامات سیاسی و متخصصان علوم اجتماعی دیدار کرد. برخی سیاستمداران او را – که حکم به لغو جهاد داده بود – مبلغ و منادی صلح پنداشتند و به ترویج دعوت او و تبلیغ افکارش کمک کردند.
عبدالبهاء وصیت پدرش را که پس از او برادرش محمد علی را خلیفه خود قرار داده بود، نقض کرد و صلاح دید که خلافت را به نوه خود، شوقی افندی ربانی بسپارد و او در 28 نوامبر 1921 به زعامت بهائیان رسید. شوقی افندی دانش آموخته دانشگاه امریکایی بیروت بود که بعدها به دانشکده بالیول در آکسفورد رفت و به ولی امر الله ملقب شد و شماری از بزرگان بهائیان را به عنوان ایادی امر الله برگزید. وی در 4 نوامبر 1957 مرد. ایادی روز نهم مرگ او گرد هم آمدند و نه تن را از میان خود برای اداره امور بهائیان، تا زمان تأسیس بیت العدل برگزیدند. بیت العدل در سال 1963 م تأسیس شد.
