آنچه معلوم است حاج محمد رحیم خان برای پدر مقامی جز علم و فقاهت و تقوی قائل نبوده و شخصا هم با متصوفه و بالاسریها در کرمان سر سازش داشته و از این جهت قبول عامهیی پیدا کرد.
اما حاج محمد خان برای پدر مراتب معنوی دیگری را قائل بود!! چند تن از اصحاب خاص حاج محمد کریم خان نیز برای وی گذشته از مقام علمی رتبه شیعه کامل را قائل بودند! و وی را در مراتب باطنی رشتی میدانستند و بعد از وی هم حاج محمد خان را دارای آن روح و مرتبه معنوی میشناختند! و همین اشخاص بودند که از اقاریر صریح حاج محمد رحیم خان نسبت باینکه من نائب پدرم بآن معنی که شما میگوئید نیستم و از اشارات خفیه حاج محمد خان مشعر بر این که من هستم! حد اعلاء استفاده را بردند و منظور خود را که نفی اولی و اثبات دومی باشد پیش بردند.
شواهد بسیاری برای این امر میدانیم که بیک حکایت مختصری اکتفا میکنم.
چون حاج محمد کریم خان درگذشت گروه انبوه شیخیه و ابراهیمیه کرمان را حیرت فراگرفت!! چشم همه بپسر رئیس طائفه و بعدا بحوزه
علمیهی مدرسهی ابراهیمی که چه تصمیم اتخاذ کنند؟! حاج محمد رحیم خان دعوتی از وجوه شیخیه (اهل علم و خوانین) در مدرسه ابراهیم خان کرد، بآن جمع چنین گفت گرچه پدرم درگذشت ولی ما را بلاتکلیف نگذاشت، بدین معنی که علماء و مدرسین در هر علم تربیت کرد و کتابهائی در هر علم نوشت که فهم آن سهل الحصول باشد اینک برای طلاب سلسلهی نسبت بتحصیل هیچ اشکالی نیست علماء و مدرسین در همین مدرسه وجود دارند و حاضرند طلاب در نزد آنان بتحصیل بپردازند، یعنی هر علمی را نزد مدرس مخصوص آن تدریس کنند مثلا علم لغت عرب را نزد جناب میرزا محمدعلی شیرازی صاحب معیار اللغة و علم هیئت و نجوم و اسطرلاب را نزد جناب محمد باقر خراسانی و صرف و نحو را نزد جناب محمد علی معلم (پدر استاد بهمنیار) تحصیل کنند، همچنین سائر علوم را برشمرد و مدرس و متخصص آن را حضورا معرفی کرد، همه حضار تصدیق و تحسین کردند جز حاج محمد خان که هنوز آقا محمد خان و جوان بود! ساکت ماند و چیزی نگفت! حاج محمد رحیم خان بدو گفت عقیده شما چیست و چه میفرمائید؟! جواب داد: اشکال من اینست که اگر کسی علم انسانیت خواست تحصیل کند بچه کسی باید مراجعه کند؟! از این بیان و تفرقه مجلس بینتیجه ماند!! رفته رفته حاج محمد رحیم خان از تجمع اصحاب خاص پدرش پیرامون برادر کوچک تا حدی متأثر شد و با برادر بتشدد گفت چرا علماء سلسله را دور خود جمع میکنی و بازاریها را بطرف من میفرستی؟
وی جواب داد که بنده که نمیگویم آنان دور و بر من بیایند گفت
اگر تو نمیگوئی و نگفتهای برو بالای منبر و رسما این امر یعنی ادعای نیابت پدر را انکار کن حاج محمد خان قبول کرد و بمنبر بالا رفت و پس از تمهید مقدمهیی رسانید که بمن امر کردهاند که علانیه موضوع را تکذیب کنم من بدین شعر اکتفا میکنم:
بسر مناره اشتر بشد و فغان بر آورد
که نهان شده در اینجا مکنید آشکارا
و همه بخوبی مقصد او را دریافتند و توجه بیشتری باو کردند و بهمین دلیل آن خواص در راه تثبیت ریاست حاج محمد خان از هیچگونه مجاهدتی کوتاهی نکردند.