یکی از این فرقه ها کیسانیه است. در بحث از کیسانیه، یعنی کسانی که معتقد به امامت محمد بن حنفیه بودند، شیخ صدوق عنوان کرده اند که کیسانیه معتقد به غیبت بودند. غیبت مسئله ای است که در بین انبیا و اولیا از دیرباز وجود داشته و همه فرق هم به آن معتقد هستند؛ منتها کیسانیه این غیبت را برای محمد بن حنفیه، یعنی فرزند دیگر حضرت امیرالمؤمنین (ع) قائل بودند. آنان به چهار امام معتقد بودند: حضرت امیرالمؤمنین (ع(، حضرت مجتبی (ع(، حضرت سید الشهداء (ع) و محمد بن حنفیه. به زعم آنان، محمد بن حنفیه امام است و غایب. کسانی از علما و ادبا و بزرگان هم بر عقیده کیسانیه بوده اند؛ مثلا سید بن محمد حمیری که از شعرای معروف ائمه اطهار (ع) است. او در ابتدای کار، این گرایش را داشته است. شیخ صدوق عقیده کیسانیه را نقل کرده و بعد هم به نقد آن پرداخته است.
یکی دیگر از این فرقه ها، فرقه «ناووسیه » است. ناووسیه کسانی بودند که اعتقاد داشتند این غیبت درباره حضرت امام صادق (ع) واقع شده است. آنها در مسئله غیبت، با شیعه اثنی عشری هم عقیده هستند، ولی آن را بر امام صادق (ع) تطبیق کرده، گفتند که کسی که غیبت کرده امام صادق (ع) است. البته شیخ صدوق احادیث مربوط به شهادت امام صادق (ع) را ذکر و مدلل می کند که اعتقاد آنها باطل است.
دیگر فرقه مورد بحث، فرقه «واقفیه » می باشد. آنها کسانی هستند که در امر غیبت بر یکی دیگر از ائمه (ع) توقف کردند و امامت را در حضرت امام حسن عسگری (ع) محدود کردند. در این خصوص شیخ صدوق این عبارت را به کار می برد: «ثم ادعت الواقفة علی الحسن بن علی بن محمد (ع) ان الغیبة وقعت به لصحة امر الغیبة عندهم » ؛ یعنی واقفیه کسانی بودند که غیبت را برای حضرت امام حسن عسکری (ع) در نظر گرفتند و گفتند که امام حسن عسکری (ع) غیبت کرده است.
