در سال 1268 ناصرالدین شاه از طرف طرفداران سید باب در تهران مورد سوء قصد و حمله قرار گرفت، ولی جان سالم به در برد. پس از این حادثه بابی‌ها مورد تعقیب قرار گرفته، عده‌ای از آنان دستگیر و زندانی شدند. میرزا بهاء نیز از جمله دستگیرشدگان بود و در تهران زندانی شد. وی پس از حدود یک سال زندانی در سال 1269 از زندان آزاد، و به کمک سفیر روس به سوی بغداد حرکت کرد.
پس از یازده سال که در بغداد اقامت داشته، در نتیجه شکایت اهالی و نفرت و مخالفت مردم در سال 1280 به دستور سلطان عثمانی، میرزا بهاء و جمعی از «بابیّه» به اسلامبول تبعید می‌شوند. آنان چهار ماه در اسلامبول توقّف داشته، سپس به «ادرنه» تبعید شدند. در سال چهارم اقامت در «ادرنه» میرزا بهاء زمزمه دعوت به خویش را شروع کرده است. با آغاز دعوت میرزا بهاء، اختلاف شدیدی میان او و برادرش میرزا یحیی رخ داد. وی آشکارا اعلان نمود:
»من همان شخص موعود باب «من یظهره الله» هستم، و میرزا یحیی صبح ازل باید از من پیروی کند و احکام و حدود «بیان» متوقّف به تصدیق و امضای من است و من مسل باب را نسخ نمودم«.
